Поводом для создания структуры стало стремительное развитие частного туристического флота в 60-70 годах прошлого века и, как следствие, увеличение аварий на воде. В настоящее время на учете территориальных ГИМС состоит свыше 1 млн 330 тыс. маломерных судов, 3200 баз для их стоянок, 3600 пляжей, 900 переправ.
Основные функции инспекции - государственная регистрация и учет поднадзорных ГИМС России судов, присвоение им бортовых номеров, выдача судовых билетов их владельцам; техническое освидетельствование судов, осуществление контроля на водных объектах за соблюдением правил пользования маломерными судами и базами (сооружениями) для их стоянок, правил охраны жизни людей на воде и охраны окружающей среды, пресечение нарушений.